ちょっとこの情報からだけでは、正確な事はわかりませんが、お話から考えると、いくつかの可能性があります。

1.骨盤矯正の力が強い
2.矯正が不適切
3.物療が不適切
4.適性なカイロプラクティック治療室でない

痛み方は、深い所が、うずくような痛みですか？
身体をそらすと、より痛いですか？
これらの症状がある場合、矯正が不適切かもしれません。
又、多分に立った姿勢が悪い可能性があります。
このコラムを参考にしてみて下さい。

腹筋が弱く、身体を反り返った姿勢をしていると、MSさんが痛い部分の背骨に強い負担がかかります。
そもそも、腰痛の原因は、これかもしれません。
どちらにしても、その症状をカイロの先生に話して、治療法を相談してみましょう。
ちゃんとした先生ならば、なんらかの対応をしてくれるはずです。

あと、治療後の不快感ですが、これについては自律神経への影響かもしれません。
骨盤は、腹腔の臓器を支配する自律神経の出口になっています。
骨盤を矯正すると、自律神経の働きが乱れる事がよくあるのです。

これについても治療法を変化させる事で対応が可能です。カイロの先生に相談してみましょう。